Povrch
Všetky japonské ostrovy, prevažne sopečného pôvodu, sú veľmi hornaté. Najsevernejšie zo štyroch hlavných ostrovov je Hokkaidó.
Na juh od Hokkaida, za Tsugarským prielivom, sa rozkladá Honšú – najväčší a najviac obývaný zo všetkých ostrovov. Od severu sa stredom tiahne Óu, pozdĺž pacifického pobrežia Kitakami – pokračovanie horského pásma z ostrova Hokkaidó.
Centrálna časť Honšú vyplňuje zložitý systém pohorí súhrnne nazývaných Japonské Alpy. Blízko južného pobrežia západne od Tokia sa nachádza osamelá sopka a . Juhovýchodne od centranajvyššia hora Japonska – Fudžijama ( 3776 m Japonských Alp sa na ploche zhruba 13 000 km2 rozprestiera najväčšia japonská nížina Kantó. Na západ od centrálneho horského systému sa rozkladá menšia nížina Nóbi, ktorá obklopuje mesto Nagoju, ležiaca na pobreží. Smerom na západ sa nachádza najväčšie japonské jazero Biwa. Väčšinu, k západu sa zužujúceho ostrova, vyplňuje pohorie Čúgoku.
Vulkanické masívy v strede ostrova sú teraz nižšie, najvyššie vrcholky presahujú 1700 m. Na juh od Kjúšú vyčnieva z mora rada vulkánov.
Japonsko seizmicky predstavuje veľmi aktívnu oblasť. Ročne je postihnutá desiatkami zemetrasení i častými erupciami sopiek. Minimálne sa eviduje 60 činných sopiek. Najaktívnejšia zóna je na južnom Kjúšú. Ďalšie potom na severnom a strednom Honšú. K ničivým zemetraseniam dochádza v priemere raz za päť rokov.